Sarbecovirus auparavant inconnu révélé chez des chauves-souris au Royaume-Uni

Sarbecovirus auparavant inconnu révélé chez des chauves-souris au Royaume-Uni
Sarbecovirus auparavant inconnu révélé chez des chauves-souris au Royaume-Uni
Anonim

Les scientifiques ont découvert le nouveau sarbécovirus RhGB01 après avoir examiné seulement 53 échantillons fécaux de chauves-souris en fer à cheval, élargissant les gammes géographiques et d'espèces de coronavirus comme le SARS-CoV et le SARS-CoV-2. Vraisemblablement, on les trouvera dans toute l'aire de répartition des Rhinolophidae - de l'Australie et du Japon à l'Europe et à l'Afrique.

Plus d'un an plus tard, la source de l'épidémie actuelle de coronavirus est toujours inconnue, malgré des milliers d'études, de rapports de l'OMS, d'enquêtes et plus encore. Les rhinolophes (Rhinolophus) sont considérés comme des hôtes naturels à la fois du SRAS-CoV (syndrome respiratoire aigu sévère apparu en 2002) et de notre SARS-CoV-2, mais aucun porteur intermédiaire ayant transmis le virus à l'homme n'a été identifié.

L'aire de répartition des chauves-souris couvre la majeure partie de l'Ancien Monde, mais la majeure partie des échantillons était auparavant prélevée en Asie de l'Est et du Sud-Est: une cinquantaine de coronavirus liés au SRAS ont été trouvés chez dix espèces de chauves-souris, dont 48 appartiennent à neuf différentes. chauves-souris en fer à cheval. L'analyse phylogénétique des nouveaux sarbecovirus - c'est-à-dire les coronavirus associés au SRAS - en forme de fer à cheval en Chine a montré qu'ils sont les plus étroitement liés précisément au SARS-CoV et au SARS-CoV-2.

Des scientifiques de l'Université d'East Anglia ont décidé de compléter ces données. Les auteurs de l'étude, publiée hier dans Scientific Reports, ont collecté les excréments de dizaines de petits animaux en forme de fer à cheval dans le Somerset, le Monmouthshire et le Pays de Galles en août et septembre 2020. Les animaux ont été capturés à l'aide de pièges ou de filets placés près des dortoirs et dans les forêts.

Les matières fécales ont été placées dans des tubes stériles individuels contenant une solution RNAlater pour la stabilisation de l'ARN, refroidies et conservées congelées avant l'analyse. Les scientifiques ont ensuite effectué un séquençage du génome, qui a identifié un virus auparavant inconnu dans l'un des 53 échantillons. Il s'appelait RhGB01. Le virus contient 10 gènes codants, tandis que SARS-CoV et SARS-CoV-2 - 11 gènes codants avec l'inclusion de la protéine ORF8.

« La phylogenèse de la protéine de pointe et des séquences nucléotidiques a montré que RhGB01 est combiné dans un clade monophylétique avec BM48-31 / BGR / 2008, le sarbekovirus de la chauve-souris en fer à cheval Blasius (Rhinolophus blasii), découvert en 2008 en Bulgarie. RhGB01 diffère des clades contenant les bêta-coronavirus humains pathogènes SARS-CoV et SARS-CoV-2, mais est plus étroitement corrélé au coronavirus associé au syndrome respiratoire aigu sévère », écrivent les scientifiques.

Le récepteur principal pour la pénétration du SARS-CoV et du SARS-CoV-2 dans le corps reste l'enzyme ACE2, cette opportunité lui est fournie par le motif de liaison au récepteur (RBM) au sein du domaine de liaison au récepteur (RBD) du Protéine S - elle forme l'enveloppe du virus. Le nouveau RhGB01 partage 68% et 67% d'identité d'acides aminés avec RBD SARS-CoV et SARS-CoV-2, respectivement, mais seulement 43% et 48% leur sont similaires dans RBM. A titre de comparaison: les virus les plus proches associés au SARS-CoV-2, les chauves-souris et les pangolins ont 89% et 86% de coïncidence avec le RBD SARS-CoV-2 et 75, 77% avec le SARS-CoV. De plus, RhGB01 présente peu de similitudes RBM avec le virus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). Cependant, il n'a pas de site de clivage de la furine supplémentaire à la jonction des protéines S1 et S2, qui est spécifique du SRAS-CoV-2.

« Le faible niveau de similitude, l'absence de résidus de contact et les différences structurelles par rapport au domaine de liaison aux récepteurs du SARS-CoV et du SARS-CoV-2, indiquent très probablement le manque de capacité à se lier à l'ACE2. Par conséquent, RhGB01 est peu susceptible d'être zoonotique s'il n'est pas muté. Mais des tests in vitro sont nécessaires pour confirmer expérimentalement l'absence de liaison à l'ACE2 ou à d'autres récepteurs dans les cellules humaines et pour déterminer la capacité de se lier à d'autres récepteurs ACE2 mammifères », ont noté les auteurs de l'étude.

Bien que RhGB01 semble exister depuis des milliers d'années, les scientifiques pensent qu'il vaut la peine de renforcer la surveillance des coronavirus chez les chauves-souris en fer à cheval dans toute leur aire de répartition, ainsi que chez d'autres espèces de chauves-souris. Après tout, le SRAS-CoV et le SARS-CoV-2 ont vraisemblablement évolué à la suite d'une mutation, d'une recombinaison homologue (échange de séquences nucléotidiques entre deux chromosomes similaires ou identiques) et du "passage" à travers au moins un hôte intermédiaire.

C'est-à-dire que le virus-prédécesseur de l'hôte naturel a reçu une adaptation génétique, ce qui a permis d'infecter avec succès les gens et de se transmettre entre nous. Et lorsqu'il existe une possibilité de recombinaison homologue de sarbécovirus par coinfection, il existe un risque de nouvelles zoonoses.

« Toute chauve-souris porteuse d'un virus semblable au SRAS peut devenir un chaudron de mutations. Et si une chauve-souris avec RhGB01 est infectée par le SRAS-CoV-2, il y a un risque que ces virus s'hybrident - et un nouveau apparaîtra, qui sera déjà capable d'infecter les humains », ont conclu les chercheurs.

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